Windows:
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É muito caro e além disso, você não tem autonomia sobre o sistema. Muitas coisas que se deve fazer no Windows, deve ligar para a Microsoft. E além disso tem de pagar a licença.
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É bastante vulnerável, paraíso de vírus, worm e hackers.
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Trava muito e não tem um dia que ele não dá erro.
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Exige muito do hardware. (uma das causas de freqüentes travamentos)
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A única qualidade é que a interface é bonitinha, porém tem menos opções de personalização.
Linux:
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Em muitas distribuições o sistema é gratuito e não necessita de licença.
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É muito seguro. Vìrus nem chega perto, apesar de haver algumas vulnerabilidades, permitindo a entrada do hacker, mas o dano que o hacker causa é bem menor do que ele causaria no Windows.
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Dificilmente ele trava e só de vez e quando (e olha lá) aparece alguns errinhos bobos.
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Não exige muito do hardware, é bastante leve e não estressa o processador e nem a memória. (com isso, ele é bem mais rápido que Windows)
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Interfaces como KDE e Gnome, não ficam atrás com a interface do Windows, e além disso, tem infinitas opções de personalização.
Então, o que dizer de tudo isso. Prefere continuar pagando a Microsoft ou ir no mundo do Software Livre?
Muitas pessoas que migram para o Linux, acham que preferem continuar no Windows, porque não tem o suporte técnico. Bom, o que não falta é forum e comunidades no Orkut falando sobre o assunto. O que não falta, é pessoas para compartilhar as suas dúvidas e te ajudar. Além disso, o suporte técnico da Microsoft não é tão eficiente quanto se imagina. Mas uma coisa te digo: vale a pena ir para o Linux.